Bien qu'elle ne soit pas seule concernée, c'est souvent à la forêt que l'on pense à propos de naturalité, à laquelle sont consacrés des espaces allant d'îlots de sénescence de quelques hectares jusqu'à de plus ou moins grandes réserves intégrales. À leurs différentes échelles spatiales, ces objets se complètent, mais tous ne bénéficient pas d'une même reconnaissance au regard de politiques d'espaces protégés, et leur visibilité s'en ressent d'autant.

En 2007, suite au lancement du chantier d’un barrage EDF jugé inutile sur le Rizzanese, un des derniers fleuves côtiers méditerranéens intacts de Corse, le WWF, ERN, quelques acteurs de la conservation et du monde de la pêche ont lancé un nouvel outil au service de la naturalité des rivières : Rivières Sauvages.

Alors que l'acceptation sociale est invoquée contre les projets de renforcement des populations et les réintroductions, les enquêtes montrent que le public est souvent favorable au retour des espèces.

Les citoyens, comme les pouvoirs publics, portent un regard ambivalent sur le sauvage. Même si certaines études montrent une incontestable demande pour du « sauvage », il serait illusoire de considérer l’opinion publique comme un tout, identique en tous points du territoire national, et plus encore de ne pas prendre en considération qu’elle peut s’exprimer différemment selon le degré de proximité et surtout de fréquentation de l’espace en discussion sur son avenir. 

Espace naturel comtois a intégré une filière courte avec une supérette de la commune. La gestion de l’abattage est réalisée par le boucher, les agneaux étant vendus vivants, ce qui permet d’éviter les charges de fonctionnement inhérentes à l’abattage (véhicules adaptés, distance de l’abattoir…), tout en tirant un meilleur profit de la vente que par une filière classique. Par ailleurs, l’origine des produits est mise en avant avec une vente sous l’appellation « Agneaux des pelouses de Champlitte », valorisant ainsi la gestion effectuée sur les pelouses sèches.

Suite au programme Life « Tourbières de Midi-Pyrénées »,
le Conservatoire des espaces naturels a initié une organisation offrant de l’aide aux propriétaires ou gestionnaires de tourbières désireux de préserver les intérêts patrimoniaux et fonctionnels de ces zones humides.
Le réseau Sagne prend la forme d'une assistance technique.
Ainsi, depuis 2004, ce sont
250 hectares d’habitats tourbeux qui sont suivis, à savoir 5 % des surfaces de tourbières connues. Celles-ci forment

Qu’elles soient considérées comme outil permettant le contrôle du couvert végétal dans les aires protégées ou comme ressource d’exploitation des espaces naturels, les pratiques pastorales sont depuis quelques années un instrument clé dans la gestion des milieux naturels et souvent préférées aux opérations mécaniques. Fréquemment, ce sont les impacts du pâturage sur la biodiversité qui sont en question, tel troupeau favorisant telle espèce, tel autre étant néfaste à une autre espèce.

Depuis bientôt un siècle, dans un contexte de déprise agricole généralisée, on constate un appauvrissement de la variété des paysages montagnards méditerranéens. Sous l’effet de la déprise et de l’évolution des pratiques pastorales, les paysages ouverts entretenus autrefois par l’homme et son troupeau laissent place à des milieux de plus en plus embroussaillés et forestiers, provoquant une modification des écosystèmes ouverts.

Depuis vingt ans, les Conservatoires d’espaces naturels élaborent des projets de gestion agropastorale dans lesquels le partenariat avec les agriculteurs est un objectif clairement affirmé. Pourtant, lorsque les contraintes techniques ou socio-économiques locales ne permettent pas d’associer un exploitant agricole, la concrétisation du pâturage doit parfois s’appliquer en régie. Les deux formes de gestion nécessitent une approche préalable, qui doit toujours intégrer les enjeux techniques, administratifs et financiers permettant de développer des systèmes durables.