Mise en place dans le but d’identifier les réseaux de sites d’aires marines protégés d’intérêt prioritaire, l’analyse éco-régionale (AER) se concentre sur les grands objectifs de conservation : hot-spots de biodiversité, échantillons représentatifs des écosystèmes, processus écologiques… Elle cherche également à identifier les activités liées à la mer, porteuses de développement économique durable, afin de développer des orientations stratégiques à moyen et long termes pour leur conservation et leur gestion.
Le travail d’analyse des données biologiques, écologiques et socio-économiques, porté par des experts et des scientifiques, s’accompagne d’une importante consultation des acteurs.
Les connaissances acquises lors de l’AER sont ensuite croisées pour identifier les sites porteurs des enjeux les plus forts.
En Nouvelle-Calédonie, par exemple, cette démarche conduite de 2005 à 2008 2 a permis de justifier du caractère exceptionnel des sites et d’aboutir au classement des récifs au patrimoine mondial de l’Unesco.

En Polynésie française, une analyse écorégionale marine vient de s’achever. Conduite pour le gouvernement polynésien par l’Agence des aires marines protégées et le WWF-France, elle a identifié cinquante-huit îles ou atolls (près de 50 % des îles polynésiennes) comme étant
remarquables.
En termes d’application pratique, l’analyse permet de hiérarchiser les priorités. En Polynésie, seize îlots sont qualifiés d’intérêt prioritaire majeur et trente et un d’intérêt prioritaire. L’AER permet également de juger des besoins de connaissance. Ici, onze îlots ont été catalogués de potentiellement importants mais mal connus.
Après présentation de ces résultats dans les différents archipels, cette stratégie de création des aires marines protégés de Polynésie française sera officiellement promulguée par le gouvernement. Elle conduira au développement d’un réseau d’espaces protégés, administrés et gérés différemment en fonction des enjeux identifiés.