L'action d'un gestionnaire d'espace naturel doit s'appuyer sur la connaissance scientifique. Dans l'objectif d'optimiser celle disponible sur leur territoire, une majorité de parcs nationaux s'est dotée, ces dernières années, d'un document d'orientation visant à améliorer la cohérence et la lisibilité de leur établissement en matière scientifique : la stratégie scientifique. Chaque parc national s'y fixe des objectifs et fait des choix pour les atteindre. 

Les aires protégées sont des objets symboliques qui véhiculent une image de mise sous cloche, d’outil d’État, de « pré carré des écolos ». Certains acteurs locaux soupçonnent les gestionnaires de vouloir tout interdire, d’être payés à « regarder pousser les fleurs ».

Le droit est un produit social, il définit une régulation qui dépasse le cadre de la loi et du règlement administratif. Cet état de fait soulève plusieurs questions : le droit étatique doit-il s’adapter dès lors qu’il est confronté aux contextes socioculturels locaux ? Comment, alors, relier les légitimités locales à la légalité nationale ? Des interrogations prégnantes dans les espaces naturels. En Guyane par exemple, la pêche à la nivrée (effectuée par les Amérindiens Wayana) consiste dans l’enivrement des poissons au moyen de la sève de lianes spécifiques.

Urbanisation, changement de destination des terres, aménagement d’irrigation… depuis plus d’un siècle, le delta du Gediz subit une évolution dramatique. Le lieu a connu, tour à tour, la création puis l’agrandissement des salines, la multiplication des canalisations d’eau. De riches habitats ont aujourd’hui disparu et, avec eux, de nombreuses espèces. Ni la convention de Ramsar, ni la Réserve de faune qui s’applique dans ce périmètre (8 000 ha enregistrés) ne s’avèrent suffisantes et les inquiétudes vont croissant.

A La Réunion, les plans de gestion de réserves naturelles ou biologiques consacrent une part importante aux plantes invasives, lesquelles constituent souvent la menace principale. Il faut alors préciser la liste des espèces présentes, étudier leur état d’invasion, dans la réserve, ailleurs sur l’île et dans le monde, et surtout établir des priorités d’actions. Ainsi, dans la réserve naturelle de Saint-Philippe Mare Longue et sa périphérie immédiate, cent une espèces végétales exotiques ont été recensées.

L’Afrique de l’Ouest vit une expérience unique. Pour faire face à une situation préoccupante de sa zone côtière (voir encadré), elle œuvre à la construction de réseaux d’acteurs et les invite à collaborer. C’est ainsi que de grandes associations internationales (UICN, WWF, Wetlands International, Fiba) travaillent aujourd’hui ensemble à côté d’instances officielles.

De nombreux travaux font état des changements dans l’organisation spatiale des paysages. Ils s’appuient pour cela sur une très large gamme de sources anciennes. Cartes postales, photographies aériennes, cadastres ou méthodes issues de l’archéologie permettent de restituer les différents états passés. Mais la difficulté réside dans l’analyse de l’organisation et de la mobilité des paysages car deux problèmes se posent : celui de la connaissance des processus en jeu dans cette transformation et celui des interactions entre ces processus.

Les espaces protégés participent à la connaissance et à la gestion des ongulés sauvages en organisant régulièrement des opérations de comptage. Les méthodes utilisées actuellement sont basées sur le principe du pointage suivant des protocoles mis au point à la fin des années 70 : le territoire est découpé en quartiers de comptages et prospecté de façon identique à chaque opération suivant un rythme annuel ou pluri-annuel.