La spécificité du milieu marin nécessite d’adapter le dispositif Natura 2000 terrestre. L’absence du droit de propriété en mer par exemple rendait inapplicable la notion d’ayant-droit jusqu’à ce que la loi sur l’eau de 2006 ne permette d’étendre la contractualisation aux professionnels et utilisateurs d’espaces marins. On notera alors que la notion d’utilisateurs peut être collective, incluant les comités de pêche, prud’homies, syndicats conchylicoles, associations d’usagers… Une approche particulièrement intéressante, si l’on considère le rôle important joué par ces structures.
Autre particularité de la mer : au-delà de douze milles nautiques, la Commission européenne est seule compétente pour la pêche.
On retiendra alors que la contractualisation doit être examinée dans ce cadre et que la réussite de Natura 2000 en mer passera par son intégration effective dans les politiques publiques.
Par ailleurs, autre spécificité dont il convient de tenir compte, cet espace très réglementé fonctionne sur la base d’un système avancé de co-gestion avec les structures professionnelles de la pêche. Aussi, la reconnaissance de bonnes pratiques en faveur des habitats et espèces (labellisations) devrait donner une importance toute particulière à la charte Natura 2000, tel qu’en Languedoc-Roussillon sur le site des posidonies du Cap d’Agde.
Parce que la démarche Natura 2000 en mer est très nouvelle, le dispositif doit, afin de lever les questionnements, établir la relation de confiance avec les acteurs de ce milieu, comme cela s’est progressivement mis en place pour le dispositif terrestre.
L’Agence des aires marines protégées conduit la rédaction de trois référenciels1 qui concernent la pêche, les cultures marines (conchyliculture et pisciculture) ainsi que les activités sportives et de loisirs ; mais ces outils, qui devraient être disponibles en 2009, se heurtent encore à une absence de recul ou de démarches abouties. Il faut admettre que nous sommes encore dans une phase très expérimentale, ce qui renforce l’importance des premiers sites Natura 2000 marins lancés. Les itinéraires techniques en cours de définition doivent être testés, avec des coûts sans doute élevés et des procédures de contrôle rendues difficiles par le milieu aquatique.