Pour favoriser la prise en compte de la biodiversité sur un territoire et fédérer des usagers autour d’un projet, il faut d'abord éclaircir la notion centrale d’enjeu biodiversité. Au-delà de la définition au sens strict de « ce que l’on peut gagner ou perdre », parler d’un enjeu biodiversité renvoie à des questionnements plus abstraits. Ont été interrogées des institutions de référence dans le domaine de la gestion et de la conservation de la biodiversité*. Cette étude sémantique a suscité plus de questionnements que d’opinions claires et d’avis tranchés. Cinq thématiques ont été déterminées dans les réponses reçues : 

• en fonction de quels paramètres l’identification des enjeux peut varier (échelle spatio-temporelle, contexte socio-culturel) ; 
• les questions à se poser en amont (qui définit l’enjeu ? pour quelle raison ? dans quel but ?) ;
• les entités pouvant être définies comme à enjeu (espèce, site, territoire, continuité écologique) ;
• les indicateurs concrets sur lesquels un enjeu est basé (patrimonialité, responsabilité) ; 
• ce que définir un enjeu implique (identifier des zones-clés grâce à la superposition cartographique d’indicateurs, conséquences juridiques).

Discuter d’enjeu biodiversité a notamment soulevé des problématiques telles que la place de l’homme au sein d’un écosystème, la trop forte communication sur les vertébrés à enjeux forts, au détriment des invertébrés, ou encore la mauvaise terminologie utilisée lorsque l’on parle d’espèce remarquable pour parler en réalité d’espèce remarquée.

On peut retenir que lorsque l’on parle d’enjeu biodiversité, il est important de définir le type de biodiversité dont on parle (animale, végétale, service écosystémique...), le type d’enjeu (conservation, préservation, restauration, gestion), la stratégie (car l’enjeu va dépendre de la question à laquelle on souhaite répondre), la personne qui doit définir les enjeux (le gestionnaire, la collectivité, l’usager) et à l’intention de qui (les usagers, les élus). Finalement, il faut garder à l’esprit qu’un enjeu est une notion « dynamique », à voir comme une problématique définie au regard du contexte large, la notion anglaise de « challenge » se rapprochant mieux de notre définition d'enjeu. Comme il est défini par une certaine partie prenante du territoire, il sera forcément subjectif et dépendra par ailleurs de l’état des connaissances à un moment donné.