L’aménagement du territoire et la construction d’infrastructures ont des impacts sur les services écosystémiques (SE) en supprimant et/ou altérant les écosystèmes ainsi que les espèces qui leur sont inféodées. Les mesures compensatoires s’appuient actuellement essentiellement sur les destructions d’espèces ou d’écosystèmes, protégés ou non. Or ces mesures doivent également considérer des équivalences fonctionnelles et les connectivités écologiques traduites en pertes de services écosystémiques.

Dans un contexte où les pressions sur la biodiversité s’intensifient, le Muséum national d’histoire naturelle s’est engagé depuis plusieurs années auprès d’acteurs et gestionnaires du territoire, afin de les accompagner dans l’identification et la hiérarchisation des enjeux de biodiversité. L’IQE, en évaluant la biodiversité et la fonctionnalité écologique à l'échelle d'un site, vise trois grands objectifs :

Le Grand Site de France du massif du Canigó, a décidé de participer pour la première fois en 2014, aux Journées européennes du patrimoine. Le thème « Patrimoine naturel, patrimoine culturel » faisait directement sens pour les paysages, « oeuvre conjuguée de l'homme et de la nature » pour reprendre la définition du paysage donnée par la Convention du patrimoine mondial. L'objectif était de faire connaître les richesses patrimoniales du territoire, plus particulièrement celles cachées par la végétation et ignorées qui concernent le passé minier du massif du Canigó.

L’idée d’un jumelage entre sites naturels du Conservatoire du littoral situés de part et d’autre de l’Atlantique est venue en réponse à l’isolement géographique de l’archipel de Saint-Pierre et Miquelon par rapport au réseau de sites du Conservatoire du littoral, et pour appuyer la mise en place d’une gestion de site naturel qui n’existait pas avant l’intervention du Conservatoire du littoral. À ce moment-là, en 2005, le SyMEL (Syndicat Mixte des Espaces Littoraux de la Manche) bénéficiait par contre déjà d’une expérience de gestion de sites de près de 20 ans.

Dix ans auront été nécessaires à l’association Action nature pour arriver à imposer l’idée de création d’une réserve naturelle dans l’île de Saint-Martin, objet depuis le début des années 80 d’un développement rapide et souvent anarchique, lié aux premières lois de défiscalisation. L’idée est de préserver, au nord de l’île, un capital environnemental menacé, et régulièrement mis à mal par les voleurs de sable et autres pêcheurs clandestins.

Si les équipements visant à l’encadrement du public sont rendus nécessaires pour la bonne prise en compte des enjeux de conservation des espèces, des habitats ou des paysages, ils constituent néanmoins une entorse à la naturalité esthétique de l’espace. L’obligation de multiplier ces équipements en les distribuant sur le territoire, ou de les densifier sur certains sites exposés à des seuils critiques de fréquentation, rend plus nécessaire encore l’attention portée à leur insertion dans l’environnement.