La perte et la fragmentation de l’habitat sont de plus en plus étudiées en écologie et en génétique des populations. Ces deux phénomènes sont difficilement séparables et sont souvent considérés comme ayant des effets négatifs sur les populations sauvages. Ils peuvent conduire à une diminution de la taille des populations et à une limitation des flux de gènes entre populations, entraînant ainsi une réduction de la diversité génétique de chacune des populations locales et une plus grande différenciation entre elles.

L'action d'un gestionnaire d'espace naturel doit s'appuyer sur la connaissance scientifique. Dans l'objectif d'optimiser celle disponible sur leur territoire, une majorité de parcs nationaux s'est dotée, ces dernières années, d'un document d'orientation visant à améliorer la cohérence et la lisibilité de leur établissement en matière scientifique : la stratégie scientifique. Chaque parc national s'y fixe des objectifs et fait des choix pour les atteindre. 

Les aires protégées sont des objets symboliques qui véhiculent une image de mise sous cloche, d’outil d’État, de « pré carré des écolos ». Certains acteurs locaux soupçonnent les gestionnaires de vouloir tout interdire, d’être payés à « regarder pousser les fleurs ».

Que ce soit pour élaborer des stratégies conservatoires ou en évaluer les effets, les acteurs de l’environnement ont besoin d’obtenir des informations régulières sur la répartition et la dynamique des populations animales et végétales. Ce travail de collecte est cependant difficile à mener par les seuls professionnels, en raison du faible nombre de scientifiques et des multiples attributions des gestionnaires de terrain. La science participative, qui peut se définir comme l’implication de volontaires dans des projets scientifiques, est un moyen de pallier ces difficultés.

Plante toxique, les agriculteurs tentaient autrefois d’éliminer le vératre. En effet, cette espèce cataloguée « mauvaise herbe » peut vite devenir dominante, notamment lors du changement de pratiques agricoles. Il en est ainsi quand un pâturage montagnard est abandonné ou quand un pâturage est brouté plus intensivement. Dans le premier cas, des plantes plus compétitives, notamment des arbustes, remplacent la végétation herbacée ; dans le second, les plantes fourragères sont progressivement remplacées par des plantes moins appétantes pour le bétail.

De nombreux travaux font état des changements dans l’organisation spatiale des paysages. Ils s’appuient pour cela sur une très large gamme de sources anciennes. Cartes postales, photographies aériennes, cadastres ou méthodes issues de l’archéologie permettent de restituer les différents états passés. Mais la difficulté réside dans l’analyse de l’organisation et de la mobilité des paysages car deux problèmes se posent : celui de la connaissance des processus en jeu dans cette transformation et celui des interactions entre ces processus.