Les gestionnaires attentifs à la qualité des écosystèmes forestiers savent combien la continuité temporelle de l'état boisé est un paramètre important pour la biodiversité. L'équation n'est cependant pas si simple car l'ancienneté d’une forêt n'est pas systématiquement synonyme de plus grande biodiversité.

L’écologie de la restauration et ses applications se sont développées en France ces 20 dernières années avec les chercheurs, les gestionnaires d’espaces naturels, les ingénieurs et bureaux d’études en écologie et les entreprises de travaux spécialisées. Dans la pratique, les activités qui en découlent sont généralement qualifiées de « génie écologique ».

Le milieu marin est la dernière frontière de la conservation ; acquisitions des connaissances et mises en place de zones protégées y sont très largement en retard par rapport au milieu terrestre. Les contraintes associées aux difficultés à travailler en mer limitent en effet l’acquisition des connaissances nécessaires à la gestion.

L’expression « bon état écologique » a été popularisée par la directive cadre sur l’eau1. Elle est trop souvent présentée comme un terme normatif : l’état de référence « pristine2 », qui précéderait toute intervention humaine. Cependant, comme cet état n’existe plus, on se réfère aux milieux qui sont supposés les moins perturbés, mesurés par leur « gradient de naturalité ». En réalité, le « bon état écologique » est une construction sociale qui évolue sans cesse. Ce n’est pas l’état figé d’un écosystème, c’est au contraire un état dynamique qui préserve des fonctions clés de l’écosystème.