Urbanisation, intensification des pratiques agricoles induisant une disparition des prairies au profit des cultures et la suppression des éléments fixes du paysage (haies, mares, fossés, talus, murets de pierres sèches…), déforestation, enrésinement, gestion en futaie régulière de certains peuplements monospécifiques provoquant des coupes à blanc, fragmentation des milieux naturels par des infrastructures linéaires, manque d’entretien des milieux agro-pastoraux induisant une fermeture des paysages, pollution lumineuse.

Depuis 1992, le syndicat mixte du Parc naturel régional du Haut-Jura conduit sur son territoire une politique de gestion des cours d’eau. Cette décision fait suite aux graves inondations, érosions de berges et destructions d’ouvrages intervenues en 1990 et 1991 lors de deux crues cinquantenales. De 1994 à 1999 le PNR a ainsi assuré la maîtrise d’ouvrage du premier contrat de rivière de Franche-Comté concernant la Bienne et l’Orbe.

Du point de vue de l’agriculture, les mesures agri-environnementales (1) (MAE, cf. encart) apparaîssent comme un succès. En revanche, leur effet positif sur l’environnement et la biodiversité est matière à débat. Dans les arènes européennes et internationales, on réfléchit à mettre en place des approches axées sur le résultat plutôt que sur les obligations de moyens habituellement requises.

Depuis près de deux ans, le Parc naturel marin d’Iroise élabore une cartographie des habitats de l’archipel de Molène et des abords de l’île d’Ouessant. Le plus important champ de laminaires des côtes de France s’étend là, sur les larges plateaux rocheux sous-marins propices à leur croissance. D’immenses forêts, caractéristiques des eaux froides, abritent une biodiversité exceptionnelle. Elles constituent des entités naturelles remarquables, caractéristiques des eaux froides, indispensables à préserver comme ceux des récifs coralliens et des mangroves.

Être classé site Ramsar, cela signifie être reconnu comme zone humide d’importance internationale que l’État s’engage à sauvegarder. Chaque pays signataire de la convention de Ramsar doit en effet, élaborer un plan stratégique national pour la conservation de ses zones humides. Dans le monde entier, 1 235 sites sont classés sites Ramsar, ils représentent 106 millions d'hectares.

L’Instrument Financier pour l’Environnement-nature, Life-nature, contribue à la mise en œuvre des deux célèbres directives communautaires Oiseaux et Habitats et notamment à la constitution du réseau européen d’espaces protégés Natura 2000. Il finance la gestion et la conservation in situ des espèces faunistiques et floristiques et des habitats les plus remarquables de l’Union européenne (les Zones de protection spéciales de la directive Oiseaux et les Sites d’intérêt communautaire de la directive Habitats).