Compte tenu de son érosion actuelle, la prise en compte de la biodiversité dans les politiques, stratégies et actions est devenue incontournable. Pour être efficace, celle-ci doit s’appuyer sur la connaissance scientifique matérialisée dans la littérature (articles académiques, thèses de doctorat, rapports d’expertise, etc.). Il s’agit d’un véritable enjeu de bon usage des finances publiques car appliquer des mesures de conservation qui ne reposent sur aucun fondement scientifique peut se révéler sans effet voire contre-productif.

Le milieu marin est la dernière frontière de la conservation ; acquisitions des connaissances et mises en place de zones protégées y sont très largement en retard par rapport au milieu terrestre. Les contraintes associées aux difficultés à travailler en mer limitent en effet l’acquisition des connaissances nécessaires à la gestion.

Les aires protégées sont des objets symboliques qui véhiculent une image de mise sous cloche, d’outil d’État, de « pré carré des écolos ». Certains acteurs locaux soupçonnent les gestionnaires de vouloir tout interdire, d’être payés à « regarder pousser les fleurs ».

L’élaboration des politiques environnementales favoriserait, ces dix dernières années, le renouveau de processus de concertation et l’émergence de l’écocitoyen. La loi du 14 avril 2006 semble d’ailleurs offrir aux parcs nationaux français l’opportunité d’un mode exemplaire de participation. Pourtant, des oppositions vives se sont manifestées. Les débats ont porté notamment sur la place jugée insuffisante des représentants des territoires dans les conseils d’administration des parcs. C’est la capacité même de l’État à engager un véritable processus participatif qui est mise en cause.