Ce n’est qu’en 1951 qu’est découverte une population d’albatros du genre Diomedea sur l’île Amsterdam, île subtropicale française de l’océan Indien. Elle sera décrite comme appartenant à une espèce à part entière en 1983 et nommée Albatros d’Amsterdam, Diomedea amsterdamensis. Cette nouvelle espèce endémique est alors au bord de l’extinction avec moins d’une dizaine de couples. Dès lors, des efforts sont entrepris pour protéger et restaurer l’espèce. Aujourd’hui, ses effectifs ne cessent d’augmenter. Au niveau mondial, les oiseaux marins constituent un groupe particulièrement vulnérable.

Tout a commencé en 1999, dans les prairies humides de l’Ain et de la HauteSavoie. Des naturalistes des Conservatoires d’espaces naturels (CEN) se mirent à l’œuvre parmi les herbes trempées de rosée pour compter le nombre de pieds fleuris de glaïeul. La tâche pouvait paraître titanesque. Pourtant, on ne recensa que 6 000 tiges fleuries. Une situation alarmante, sachant que la région Rhône-Alpes héberge l’essentiel des populations  !

Bannies de leurs habitats que sont les moissons d’hiver sous la pression d’une agriculture plus intensive, les plantes messicoles se sont raréfiées jusqu’à disparaître totalement de certaines régions de France métropolitaine. Alors que les cultures sur sols maigres, vouées à la consommation par le bétail de l'exploitation agricole sont encore des milieux favorables pour elles, à l’autre extrême, les plaines de grande culture ont été désertées par ce groupe de plantes annuelles, noyé dans le vaste ensemble des « mauvaises herbes ». 

Les aires protégées sont des objets symboliques qui véhiculent une image de mise sous cloche, d’outil d’État, de « pré carré des écolos ». Certains acteurs locaux soupçonnent les gestionnaires de vouloir tout interdire, d’être payés à « regarder pousser les fleurs ».

Faire pâturer en hiver, en fin d’été ou toute l’année ? Avec quel chargement ? Faucher au 15 juillet ou à l’automne ? Si le gestionnaire d’un milieu ouvert se pose de nombreuses questions, il n’a pas toujours les moyens de mesurer l’impact de ses choix.

La mauvaise santé du lapin pose des problèmes pour la conservation de certaines espèces emblématiques. C’est le cas, en zone méditerranéenne (d’où le lapin est originaire), des prédateurs spécialistes ou fortement dépendants, tels le lynx ibérique, l’aigle impérial en Espagne, ou l’aigle de Bonelli en France. C’est également le cas, sur le littoral atlantique, du lézard ocellé qui utilise les terriers du lapin. La baisse de la pression de pâturage du lapin sur la végétation a aussi eu des répercussions sur la biodiversité et la dynamique de certains écosystèmes (dunes, pelouses).

Cartographier l’occupation du sol, caractériser les habitats fréquentés par les couples d’aigle de Bonelli cantonnés dans les Zones de protection spéciale des départements de l’Hérault et du Gard, fournir des informations sur l’évolution des zones de chasse potentielles et analyser leur évolution… Voilà l’objet d’un programme, piloté par le Conservatoire des espaces naturels du Languedoc-Roussillon et dont les informations recueillies seront utilisées pour la conception des documents d’objectifs. L’étude s’appuie sur un système d’information géographique (SIG).