Le but de la doctrine et du comité qui y a travaillé, était de clarifier et harmoniser les méthodes au plan national. Le comité de pilotage a validé en 2012 une doctrine nationale assez largement partagée afin de rappeler les principes qui doivent guider tant les porteurs de projets que l’administration, pour faire en sorte que les questions environnementales soient intégrées aux projets dès leur élaboration et persistent par la suite, tout en garantissant une homogénéité de traitement sur le territoire. La définition de la doctrine devrait améliorer la prise en compte des enjeux qui pèsent sur les milieux naturels terrestres, aquatiques et marins. 

Les Conservatoires d’espaces naturels, souvent sollicités pour la mise en oeuvre des mesures compensatoires, ont fait le choix de longue date de se positionner. Avec plusieurs exigences : respect des procédures, réalité effective des mesures d’évitement puis de réduction d’impact et, bien sûr, qualité des mesures compensatoires proposées - qu’elles apportent de vraies réponses au patrimoine dégradé.

En 2012, le PNR des Boucles de la Seine normande s’est investi dans un projet d’aménagement avec mise en place de mesures compensatoires.

La prise en compte des continuités écologiques et de la biodiversité ordinaire s’invite au coeur des réglementations sur la compensation des impacts écologiques (réforme des études d’impacts, trame verte et bleue). La TVB (Trame verte et bleue) est aujourd’hui questionnée en tant que localisation privilégiée de mesures compensatoires. Améliorer la connectivité des habitats peut permettre de compenser les effets de la fragmentation (perte et isolement d’habitats) et de renforcer la fonctionnalité des réseaux écologiques.

Nombre de gestionnaires utilisent des systèmes d’information géographique (SIG) au service de leurs missions. Comment pourrait-il en être autrement ? Aujourd’hui, du reste, ces SIG évoluent vers des services d’information du territoire (SIT) où les données numériques sont collectées, recoupées, diffusées, afin de constituer des aides à la décision. Les pages qui suivent en illustrent les déclinaisons, les limites et les utilisations.

Qu’est-ce qu’une bonne carte ? Hormis la part d’esthétique et donc de subjectivité, sa lisibilité repose sur quelques règles :
• Simplifier. Modéliser le réel en le simplifiant selon la problématique : une carte sur la protection des espaces naturels d’un département ne devra pas fournir tous les axes routiers du département. Seuls quelques axes principaux seront représentés pour que l’utilisateur se repère dans son territoire.
• Donner des repères. La carte doit comprendre : un titre, une légende, l’orientation, l’échelle et les sources des données.

Manque d’outils performants ou défaut de coordination entre scientifiques et informaticiens ? Les aires protégées disposent d’une quantité impressionnante de données, papier ou informatisées, difficiles à traiter, à partager, à réutiliser en raison d’une organisation généralement confuse.

Complexe mais moins compliquée qu’il n’y paraît, la mise en place d’un système d’information géographique (SIG) suppose de suivre une démarche rigoureuse pour se poser les bonnes questions. Avant la mise en œuvre, le calendrier distingue deux phases : les études et l’acquisition. À chacune ses embûches et ses solutions…

Un simple décompte des individus (dénombrement) présents sur un site peut suffire pour estimer la taille d’une population animale ou végétale. Cette méthode a l’air aisée mais suppose que tous les individus présents soient comptabilisés. Il faut donc qu’on ait 100 % de chances de les détecter. Parce que cette situation est exceptionnelle (elle suppose qu’il y ait peu d’individus et qu’ils soient faciles à observer), les résultats des comptages sont un mélange entre effectifs réels et détection effective des individus.

Tout d’abord, la mer est un milieu ouvert impossible à clore ni à isoler. La densité de l’eau salée lui permet de transporter sur de grandes distances, au gré des déplacements des masses d’eaux, les substances nutritives, les larves, des gamètes mais aussi certains éléments polluants.

Même dépourvues de label international, comme c’est le cas pour les aires spécialement protégées d’intérêt méditerranéen, les Aires marines protégées (AMP) ont toujours une légitimité internationale : qu’elles soient créées dans les eaux territoriales ou intérieures françaises avec les outils du droit international (exemple : création en Méditerranée d’un sanctuaire pour les mammifères marins, Pelagos), communautaire (exemple : réseau Natura 2000) ou interne (exemple : Réserves naturelles, Parcs nationaux).