Dans un contexte où les pressions sur la biodiversité s’intensifient, le Muséum national d’histoire naturelle s’est engagé depuis plusieurs années auprès d’acteurs et gestionnaires du territoire, afin de les accompagner dans l’identification et la hiérarchisation des enjeux de biodiversité. L’IQE, en évaluant la biodiversité et la fonctionnalité écologique à l'échelle d'un site, vise trois grands objectifs :

Rhône-Alpes innove depuis 2009 en complétant le SINP par un troisième pôle : le pôle gestion des milieux naturels. Lancée en 2006, la stratégie de la Région Rhône-Alpes1 en faveur du patrimoine naturel s’inscrit dans celle, nationale, du « Système d’information sur la nature et les paysages » (SINP). Elle prévoit la mise en place de pôles d’information flore-habitats et faune.

Les atlas de paysages constituent l’outil d’identification et de qualification des paysages retenu par la France. Initié en 1994, ce programme mis en œuvre par le ministère en charge des paysages vise à faire en sorte que les services de l’État et les collectivités territoriales (conseil général et conseil régional essentiellement) réalisent ensemble un « état des lieux partagé » pour chacun des départements français. Ces documents de référence représentent une occasion d’intégrer le paysage dans les politiques sectorielles.

Contre la prolifération de l’écrevisse de Louisiane, l’équipe gestionnaire des marais du Vigueirat expérimente une technique de pêche visant à ne pas nuire aux autres espèces. Ni l’emploi de pesticides ni la mise en assecs courts ne sont efficaces contre cette espèce. En revanche, la pêche exerce une pression de prédation qui s’ajoute à celle de nombreux oiseaux. Une pêche spécifique a donc été mise en œuvre en 2005 mais des améliorations techniques ont dû lui être apportées pour ne pas engendrer de « dégâts collatéraux ».