Depuis 1992, le syndicat mixte du Parc naturel régional du Haut-Jura conduit sur son territoire une politique de gestion des cours d’eau. Cette décision fait suite aux graves inondations, érosions de berges et destructions d’ouvrages intervenues en 1990 et 1991 lors de deux crues cinquantenales. De 1994 à 1999 le PNR a ainsi assuré la maîtrise d’ouvrage du premier contrat de rivière de Franche-Comté concernant la Bienne et l’Orbe.

Entre les services d’État des Affaires maritimes et les gestionnaires d’aires marines, les incompréhensions perdurent encore. On aurait d’un côté les défenseurs du pêcheur contre ceux du poisson ? ! Ne le nions pas : les approches sont différentes. Confrontés à des soucis quotidiens, les gestionnaires d’une aire marine protégée attendent de l’administration d’État une assistance technique et juridique parfois, des contrôles toujours.

Adoptée le 14 avril 2006, la loi repense la structure des Parcs nationaux. Elle modifie ces établissements publics dans leurs dimensions institutionnelle comme territoriale ; elle touche également à leurs compétences et leurs moyens d’actions. Concernant le pastoralisme, observons, d’une part, que la loi confirme son statut d’activité privilégiée au sein des Parcs nationaux. Et, d’autre part, qu’elle modifie sensiblement les instruments dont les Parcs disposaient pour le réglementer.