Compte tenu de son érosion actuelle, la prise en compte de la biodiversité dans les politiques, stratégies et actions est devenue incontournable. Pour être efficace, celle-ci doit s’appuyer sur la connaissance scientifique matérialisée dans la littérature (articles académiques, thèses de doctorat, rapports d’expertise, etc.). Il s’agit d’un véritable enjeu de bon usage des finances publiques car appliquer des mesures de conservation qui ne reposent sur aucun fondement scientifique peut se révéler sans effet voire contre-productif.

La perte et la fragmentation de l’habitat sont de plus en plus étudiées en écologie et en génétique des populations. Ces deux phénomènes sont difficilement séparables et sont souvent considérés comme ayant des effets négatifs sur les populations sauvages. Ils peuvent conduire à une diminution de la taille des populations et à une limitation des flux de gènes entre populations, entraînant ainsi une réduction de la diversité génétique de chacune des populations locales et une plus grande différenciation entre elles.

Les aires protégées sont des objets symboliques qui véhiculent une image de mise sous cloche, d’outil d’État, de « pré carré des écolos ». Certains acteurs locaux soupçonnent les gestionnaires de vouloir tout interdire, d’être payés à « regarder pousser les fleurs ».

L’élaboration des politiques environnementales favoriserait, ces dix dernières années, le renouveau de processus de concertation et l’émergence de l’écocitoyen. La loi du 14 avril 2006 semble d’ailleurs offrir aux parcs nationaux français l’opportunité d’un mode exemplaire de participation. Pourtant, des oppositions vives se sont manifestées. Les débats ont porté notamment sur la place jugée insuffisante des représentants des territoires dans les conseils d’administration des parcs. C’est la capacité même de l’État à engager un véritable processus participatif qui est mise en cause.

L’établissement de listes rouges représente un élément clé des stratégies visant à attirer l’attention sur les espèces les plus menacées. Pour ce faire, l’UICN a proposé une méthode devenue incontournable. Elle permet de quantifier le risque d’extinction sur la base de critères objectifs et autorise une hiérarchie en cinq catégories. Mais la mise en œuvre de cette méthode rencontre des écueils : certains groupes, comme les plantes, sont très riches en espèces et les données concernant leurs tendances évolutives ne sont documentées que pour quelques-unes d’entre elles.