Le but de la doctrine et du comité qui y a travaillé, était de clarifier et harmoniser les méthodes au plan national. Le comité de pilotage a validé en 2012 une doctrine nationale assez largement partagée afin de rappeler les principes qui doivent guider tant les porteurs de projets que l’administration, pour faire en sorte que les questions environnementales soient intégrées aux projets dès leur élaboration et persistent par la suite, tout en garantissant une homogénéité de traitement sur le territoire. La définition de la doctrine devrait améliorer la prise en compte des enjeux qui pèsent sur les milieux naturels terrestres, aquatiques et marins. 

Les Conservatoires d’espaces naturels, souvent sollicités pour la mise en oeuvre des mesures compensatoires, ont fait le choix de longue date de se positionner. Avec plusieurs exigences : respect des procédures, réalité effective des mesures d’évitement puis de réduction d’impact et, bien sûr, qualité des mesures compensatoires proposées - qu’elles apportent de vraies réponses au patrimoine dégradé.

En 2012, le PNR des Boucles de la Seine normande s’est investi dans un projet d’aménagement avec mise en place de mesures compensatoires.

La prise en compte des continuités écologiques et de la biodiversité ordinaire s’invite au coeur des réglementations sur la compensation des impacts écologiques (réforme des études d’impacts, trame verte et bleue). La TVB (Trame verte et bleue) est aujourd’hui questionnée en tant que localisation privilégiée de mesures compensatoires. Améliorer la connectivité des habitats peut permettre de compenser les effets de la fragmentation (perte et isolement d’habitats) et de renforcer la fonctionnalité des réseaux écologiques.

Pour le scientifique, l’optimum écologique d’une forêt est représenté par la forêt « primaire » : une forêt en équilibre avec son milieu et qui ne souffre d’aucune perturbation anthropique. Le fonctionnement naturel de ces forêts est caractérisé par une lutte permanente entre des arbres et des perturbations telles des inondations, feux, tempêtes… Sous réserve d’être assez vaste, cette forêt permet théoriquement à toutes les espèces qui la composent, à la biodiversité donc, de se maintenir à long terme.

Le bois mort est une composante essentielle des forêts naturelles, souvent absente des forêts gérées. Cette lacune met en difficulté une biodiversité spécifique, riche et originale constituée notamment d’espèces se nourrissant de bois mort (espèces saproxyliques) ou vivant dans les cavités.

Depuis plusieurs années et bien avant la tempête, les gestionnaires de la réserve orientent la gestion en faveur de la dynamique spontanée des essences présentes originellement. Ils cherchent à accélérer les processus de restauration des boisements artificiels vers un type plus naturel. Les clairières à graminées, landes sèches à éricacées et barins2 étant, localement, une composante naturelle du milieu forestier, ils s’efforcent de leur redonner leur place, là où l'homme a planté artificiellement du pin maritime.

Une partie des boisements de la réserve naturelle de l’île de la Platière n’a presque jamais fait l’objet d’intervention sylvicole. Ce diagnostic, effectué notamment par l’étude de cartes en date du 19e siècle, est confirmé par l’observation. La structure forestière est typique des forêts denses : présence de gros arbres, pas de souches visibles, abondance du bois mort. Ce haut degré de naturalité confère, à ces trente hectares, un fort enjeu patrimonial. Dès 1991, le premier plan de gestion vise la mise en place d’une réserve forestière intégrale qui, aujourd’hui, couvre 34 ha 20.

Dans l’après-guerre, la campagne française se vide de sa population et de grands programmes de reboisement sont entrepris, pour utiliser économiquement les terres abandonnées. Et dans les années soixante-dix, le Morvan se réveille avec la gueule de bois : les Parisiens, fuyant leurs cités pour retrouver la campagne de leur enfance, tombent sur des plantations forestières denses, vert linceul d’un monde révolu.