Sites d'intérêt communautaire, réservoirs de biodiversité, corridors écologiques… quels que soient les termes utilisés, l'objectif poursuivi est le même : préserver la biodiversité dans un contexte de développement durable des territoires. D’un côté, on vise la préservation de la biodiversité considérée comme remarquable à l'echelle européenne via la création d’un réseau de sites, de l’autre, on cible la protection de la biodiversité dans son ensemble en s’appuyant sur les continuités écologiques pour répondre à la problématique de la fragmentation ; deux objectifs proches

Depuis 1992, le syndicat mixte du Parc naturel régional du Haut-Jura conduit sur son territoire une politique de gestion des cours d’eau. Cette décision fait suite aux graves inondations, érosions de berges et destructions d’ouvrages intervenues en 1990 et 1991 lors de deux crues cinquantenales. De 1994 à 1999 le PNR a ainsi assuré la maîtrise d’ouvrage du premier contrat de rivière de Franche-Comté concernant la Bienne et l’Orbe.

Urbanisation, intensification des pratiques agricoles induisant une disparition des prairies au profit des cultures et la suppression des éléments fixes du paysage (haies, mares, fossés, talus, murets de pierres sèches…), déforestation, enrésinement, gestion en futaie régulière de certains peuplements monospécifiques provoquant des coupes à blanc, fragmentation des milieux naturels par des infrastructures linéaires, manque d’entretien des milieux agro-pastoraux induisant une fermeture des paysages, pollution lumineuse.

Depuis près de deux ans, le Parc naturel marin d’Iroise élabore une cartographie des habitats de l’archipel de Molène et des abords de l’île d’Ouessant. Le plus important champ de laminaires des côtes de France s’étend là, sur les larges plateaux rocheux sous-marins propices à leur croissance. D’immenses forêts, caractéristiques des eaux froides, abritent une biodiversité exceptionnelle. Elles constituent des entités naturelles remarquables, caractéristiques des eaux froides, indispensables à préserver comme ceux des récifs coralliens et des mangroves.

Les atlas de paysages constituent l’outil d’identification et de qualification des paysages retenu par la France. Initié en 1994, ce programme mis en œuvre par le ministère en charge des paysages vise à faire en sorte que les services de l’État et les collectivités territoriales (conseil général et conseil régional essentiellement) réalisent ensemble un « état des lieux partagé » pour chacun des départements français. Ces documents de référence représentent une occasion d’intégrer le paysage dans les politiques sectorielles.