21novembre 2007. Une nouvelle circulaire1 venait préciser les conditions de cofinancement de l’élaboration des documents d’objectif (Docob), de l’animation des sites, des contrats Natura 2000 forestiers et non agricoles-non forestiers. Ce texte complète et modifie la circulaire du 24 décembre 2004. Des nouvelles mesures de gestion des sites sont éligibles au cofinancement par le Fonds européen agricole pour le développement rural (Feader).

Docob. Les collectivités tiennent un rôle premier dans le nouveau dispositif.
Encouragée à prendre en charge l’élaboration des documents d’objectifs (Docob), toute collectivité territoriale ou groupement de collectivités est désormais éligible et prioritaire aux cofinancements du Feader.
Les engagements du bénéficiaire et le soutien financier sont fixés dans le cadre d’une convention entre l’État et la structure porteuse du Docob.

Financement des contrats. La circulaire fixe les règles2 de financement des contrats Natura 2000. Afin d’en bénéficier, la demande de subvention doit être préalable au commencement des travaux. Le titulaire d’un contrat Natura 2000 s’engage à assurer le maintien ou la restauration des habitats et espèces d’intérêt communautaire du site. En contrepartie, ce contrat permet le financement des engagements qu’il assume. Sont éligibles : les actions non productives nécessaires à la conservation ou à la restauration des habitats et espèces ; les frais d’études et d’expertises (après signature du contrat) qui désormais peuvent s’élever à 12 % du montant total par action.

Bénéficiaire. Un contrat Natura 2000 forestier peut être passé par toute personne exerçant ou non une activité agricole. Il permet de financer les investissements non productifs en forêt et espaces boisés3. Il est cofinancé à la hauteur de 55 % par le Feader.
Le contrat non agricole-non forestier est réservé aux personnes ne pratiquant pas une activité agricole4. Toutefois, un agriculteur peut, dans certaines conditions, bénéficier d’un contrat non agricole-non forestier pour :
w des actions d’aménagements artificiels en faveur des espèces justifiant la désignation d’un site,
w des opérations innovantes au profit d’espèces et d’habitats strictement à vocation non productive.
Ce type de contrat permet de financer des investissements ou des actions d’entretien non productifs. Le cofinancement Feader est à hauteur de 50 %.
Cumul. Enfin, lorsque les enjeux de conservation de la biodiversité le justifient, il est désormais possible de conclure exceptionnellement, sur un même site, un contrat non agricole et non forestier et un contrat agricole, à condition de s’assurer de l’absence de double financement.

Instruction. L’instruction des dossiers de demande de contrat Natura 2000 est assurée par les directions départementales du territoire (DDT - anciennes directions départementales de l’agriculture et de la forêt). Une visite de contrôle sur place est obligatoire pour toute demande de paiement supérieure à 5 000 euros.
Les DDT et Dreal (direction régionale de l’environnement, de l’aménagement et du logement - anciennes Diren) se prononcent sur l’acceptation de la demande en tenant compte de différents critères de priorisation. Elles examinent, en premier lieu, si l’état de conservation au niveau biogéographique national est identifié comme « défavorable mauvais », pour les habitats concernés et s’ils sont prioritaires au titre de la directive Habitats. Elles se penchent ensuite sur l’état des espèces et des habitats au niveau du site et, enfin, sur les seuils d’efficacité technique des mesures.

Paiement. Au niveau régional, la Dreal est en outre chargée de coordonner les circuits financiers. Le paiement est effectué par le Cnasea5 sur pièces justificatives après la réalisation des actions. Tout paiement doit être justifié par des factures acquittées ou une comptabilité analytique précise (pour les travaux faits en régie). Seules les actions sur barème des contrats forestiers échappent à cette règle.
Des contrôles sur place avant paiement et des contrôles a posteriori sont organisés. En cas de non-respect des engagements, des mécanismes de réduction et exclusions sont prévus.