Le principal impact réside dans la fragmentation des milieux que ces installations peuvent entraîner. « Un barrage de quelques dizaines de centimètres de hauteur sur un cours d’eau peut bloquer la remontée de certaines espèces et ainsi compromettre la colonisation des milieux en amont », avance à ce sujet Pierre Sagnes de l’Agence française pour la biodiversité (AFB). Le problème se pose surtout pour les espèces migratrices qui doivent rejoindre une portion précise du cours d’eau afin d’accomplir leur reproduction.

La collision des oiseaux avec les pales est l’impact le plus couramment cité lorsque l’on évoque l’énergie éolienne (environ 7 500 éoliennes en France, pour une puissance totale de 15 GW). Il s’agit, en effet, de l’impact le plus facile à constater mais également du seul à faire l’objet d’une évaluation obligatoire sur l’ensemble des parcs français (chaque exploitant doit mettre en oeuvre un suivi permettant notamment de mesurer la mortalité de l’avifaune et des chiroptères due aux éoliennes dans les délais fixés par l'arrêté préfectoral).

Les Parcs naturels régionaux (PNR) ont l’habitude de collaborer avec des universités ou écoles supérieures spécialisées dans l’environnement, l’aménagement du territoire ou encore les sciences humaines et sociales.

Il y a des élus qui pensent qu'il faut imposer pour faire avancer les choses, que celui qui décide, c'est celui qui paye, et il y en a d'autres qui croient au débat permanent. Parmi ces derniers, Christophe Cavard, président du Grand Site des gorges du Gardon depuis sa création en 1993, est un convaincu. « Je crois qu'en démocratie, la délégation faite aux élus n'est pas un chèque en blanc. Pour marcher sur nos deux jambes, il faut des institutions, mais il faut aussi du participatif. C'est un pilier des réserves de biosphère, leur marque de fabrique.