En matière de compensation, tout commence avec un arrêté préfectoral de dérogation : lorsque l'évitement n'est pas possible, et que le projet est autorisé, cet arrêté fixe les conditions de destruction des spécimens protégés et des habitats. Il définit les limites des impacts tolérés, les moyens de compensation proportionnés et les modalités d’évaluation. Ces mesures sont proposées par le porteur de projet et analysées dans le cadre d’un travail réalisé en relation étroite avec les experts naturalistes et écologues.

Avec une pirogue à voile, on peut faire beaucoup de choses : du transport écologique, de l'éducation à l'environnement, de la gestion de milieu, et même de la recherche scientifique. Le tout de façon durable, en faisant revivre un savoir-faire ancestral. Va’a Motu espère sensibiliser les habitants à l’utilisation d’embarcations à voile parfaitement adaptées à l’environnement de ses atolls. De plus, et c’est vraiment le coeur du projet, naviguer à la voile sans émission carbone, c'est une façon d'être en accord parfait avec l’éthique de la Réserve de biosphère.

En Méditerranée, 16 à 20 % des baleines mortes ont été tuées suite à une collision avec de grands navires. Pour réduire les risques, l’association Souffleurs d’écume a développé l’outil Repcet.
Dédié à la navigation, ce système nécessite la collaboration des compagnies maritimes puisqu’il se base sur l’observation de grands cétacés par le personnel de quart depuis un navire utilisateur.