Le risque de zoonoses (maladies transmissibles de l’animal à l’homme) existe pour toute activité au contact d’animaux ou de leur environnement, qu’elle s’effectue en milieu naturel ou avec des animaux en captivité. Elles sont nombreuses puisqu'à ce jour on recense plus de huit cents agents responsables de zoonoses. Un chiffre qui pourrait être sous-estimé car certaines pathologies peuvent être asymptomatiques ou présenter un tableau clinique peu spécifique (syndrome grippal, manifestations cutanées bénignes, etc.).

Les terrains militaires sont des sites préservés de l’urbanisation et de l’agriculture intensive, et de précieux réservoirs de biodiversité. Leur volonté de favoriser la biodiversité est donc une bonne nouvelle pour les protecteurs de la nature. On recense déjà l’intégration de 42 000 hectares au réseau Natura 2000, soit un sixième des terrains propriétés du MINDEF. De plus, un troisième protocole d’accord a été signé en 2013 entre les ministères chargés de l’Écologie et de la Défense.

On sait aujourd’hui qu’un faible pourcentage d’espèces exotiques devient envahissant et pose problème : sur quelque 100 espèces introduites, 10 en général se maintiennent et une seule prolifère. Une partie des espèces introduites s’adapte difficilement au nouvel habitat qu’on leur impose : elles peuvent alors disparaître très vite ou rester cantonnées là où on les a introduites, c’est-à-dire très souvent dans les parcs et jardins. Seules les espèces agressives sur le plan démographique doivent être contrôlées, or on sait rarement maîtriser leur extension.