Dans le cadre des enquêtes de police qu'ils conduisent, les inspecteurs de l'environnement se sont vus attribuer des pouvoirs d'audition par le législateur consacrant la possibilité de recueillir les déclarations de toute personne susceptible d'apporter des informations utiles aux enquêteurs. Les auditions qu'ils mènent s'inscrivent dans un cadre précis, caractérisé par l'assentiment librement consenti de la personne à entendre.

Le préfet coordonnateur de bassin voit son rôle renforcé. Il est placé au centre du dispositif institutionnel, pour permettre notamment une meilleure harmonisation entre l’échelon du bassin et l’échelon départemental. Il anime et coordonne l’action des préfets de départements et des régions appartenant au bassin, il doit notamment rendre un avis sur les projets nécessitant une coordination interrégionale, et délimiter les zones vulnérables et les zones sensibles avec l’aide des préfets de département et en concertation avec les différents acteurs concernés.