L’aménagement du territoire et la construction d’infrastructures ont des impacts sur les services écosystémiques (SE) en supprimant et/ou altérant les écosystèmes ainsi que les espèces qui leur sont inféodées. Les mesures compensatoires s’appuient actuellement essentiellement sur les destructions d’espèces ou d’écosystèmes, protégés ou non. Or ces mesures doivent également considérer des équivalences fonctionnelles et les connectivités écologiques traduites en pertes de services écosystémiques.

Sites d'intérêt communautaire, réservoirs de biodiversité, corridors écologiques… quels que soient les termes utilisés, l'objectif poursuivi est le même : préserver la biodiversité dans un contexte de développement durable des territoires. D’un côté, on vise la préservation de la biodiversité considérée comme remarquable à l'echelle européenne via la création d’un réseau de sites, de l’autre, on cible la protection de la biodiversité dans son ensemble en s’appuyant sur les continuités écologiques pour répondre à la problématique de la fragmentation ; deux objectifs proches

Rhône-Alpes innove depuis 2009 en complétant le SINP par un troisième pôle : le pôle gestion des milieux naturels. Lancée en 2006, la stratégie de la Région Rhône-Alpes1 en faveur du patrimoine naturel s’inscrit dans celle, nationale, du « Système d’information sur la nature et les paysages » (SINP). Elle prévoit la mise en place de pôles d’information flore-habitats et faune.