L’intensification de l’agriculture a profondément modifié les paysages ruraux au cours des cinq dernières décennies, affectant la durabilité des exploitations apicoles. Confrontée à un manque de territoires d’accueil de qualité, l’apiculture productive a désormais recours à des transhumances saisonnières, parfois massives, vers des espaces naturels protégés.

Organisés autour de la biodiversité, les observatoires peuvent être qualifiés d'observatoires « de contexte » ou « de société ». Le portage de ces observatoires par des structures impliquant directement des élus locaux (collectivités territoriales, syndicats mixtes...) apparaît comme un facteur de réussite. À ce jour, onze observatoires de la biodiversité à l’échelle de territoires de projet sont dénombrés :

Les deux territoires de parcs naturels régionaux (PNR) concernés par ce travail expérimental sont les PNR des Caps et marais d'Opale (CMO) et du Pilat. Réalisé par des conservatoires botaniques nationaux (CBN Bailleul et CBN Massif central), ce travail se distingue par l'échelle choisie : ensemble du territoire pour le Pilat soit 70 000 ha, territoire du Boulonnais pour CMO soit 60 000 ha. Le portage du programme était assuré par le PNR en CMO et par le CBN Massif central pour le Pilat.

On sait aujourd’hui qu’un faible pourcentage d’espèces exotiques devient envahissant et pose problème : sur quelque 100 espèces introduites, 10 en général se maintiennent et une seule prolifère. Une partie des espèces introduites s’adapte difficilement au nouvel habitat qu’on leur impose : elles peuvent alors disparaître très vite ou rester cantonnées là où on les a introduites, c’est-à-dire très souvent dans les parcs et jardins. Seules les espèces agressives sur le plan démographique doivent être contrôlées, or on sait rarement maîtriser leur extension.