Bannies de leurs habitats que sont les moissons d’hiver sous la pression d’une agriculture plus intensive, les plantes messicoles se sont raréfiées jusqu’à disparaître totalement de certaines régions de France métropolitaine. Alors que les cultures sur sols maigres, vouées à la consommation par le bétail de l'exploitation agricole sont encore des milieux favorables pour elles, à l’autre extrême, les plaines de grande culture ont été désertées par ce groupe de plantes annuelles, noyé dans le vaste ensemble des « mauvaises herbes ». 

En Rhône-Alpes, la stratégie de préservation des pelouses sèches prévoit l’inventaire de ces milieux. Ils sont généralement réalisés par photo-interprétation puis par vérification sur le terrain.En sud Ardèche, où ces milieux ouverts et secs sont très répandus, la réalisation d’un inventaire par télédétection a été expérimentée en 2013, dans le cadre d’une collaboration entre le Cermosem (Université Joseph Fourier) et le Conservatoire d’espaces naturels Rhône-Alpes. Cette démarche était ambitieuse car ces milieux sont très hétérogènes en termes de physionomie de végétation.

Sur l’île de Bagaud, le rat noir et la griffe de sorcière présentent d’importantes populations. Ces espèces exogènes envahissantes sont responsables de profondes modifications de la faune et de la flore indigènes ; c’est pourquoi, en 2010, le Parc national de Port-Cros a lancé un programme expérimental de restauration écologique (1) de l’île grâce à l’éradication de certaines espèces invasives. Planifié sur dix ans, ce projet est placé sous la responsabilité scientifique de l’Institut méditerranéen de biodiversité et d’écologie.