Réaliser un inventaire généralisé de la biodiversité permet d'établir un état des lieux approfondi de la biodiversité notamment à l’échelon communale. C'est également un point de départ pour instaurer un dialogue entre élus, naturalistes et gestionnaires sur la question de la prise en compte de l’environnement dans les politiques publiques. C'est ainsi par le biais du programme Atlas de biodiversité communale (ABC) que celui du Parc national des Pyrénées se déploie.

Les aires protégées sont des objets symboliques qui véhiculent une image de mise sous cloche, d’outil d’État, de « pré carré des écolos ». Certains acteurs locaux soupçonnent les gestionnaires de vouloir tout interdire, d’être payés à « regarder pousser les fleurs ».

Pour mettre en place leurs stratégies conservatoires et en évaluer les effets, les gestionnaires ont besoin d’obtenir des informations régulières sur la dynamique des populations des espèces animales présentes sur leur site. Pour cela, ils utilisent diverses méthodes de dénombrement. Certaines reposent sur de l’échantillonnage, d’autres consistent à faire des recensements exhaustifs. Cependant, même si l’usage veut que l’on emploie le mot exhaustif, le chiffre réel d’individus ne pourra jamais être obtenu car il ne s’agit que d’estimations, soumises à des marges d’erreur.

De nombreux travaux font état des changements dans l’organisation spatiale des paysages. Ils s’appuient pour cela sur une très large gamme de sources anciennes. Cartes postales, photographies aériennes, cadastres ou méthodes issues de l’archéologie permettent de restituer les différents états passés. Mais la difficulté réside dans l’analyse de l’organisation et de la mobilité des paysages car deux problèmes se posent : celui de la connaissance des processus en jeu dans cette transformation et celui des interactions entre ces processus.