Les énergies renouvelables peuvent avoir des impacts négatifs sur la biodiversité, avec une incidence variable selon la nature de ces énergies. L’énergie hydraulique et la bioénergie (en particulier la filière bois-énergie), sont les deux filières les plus susceptibles d’impacter fortement la biodiversité tant locale qu’à distance, sans nécessairement avoir une incidence positive sur le bilan carbone. La filière éolienne terrestre génère des mortalités significatives chez les oiseaux et les chauves-souris dont on ne mesure pas encore les conséquences sur le fonctionnement des populations.

Les milieux alluviaux sont caractérisés par des flux importants d’eau, d’alluvions, de sels minéraux et de matière organique. Leurs variations incessantes induisent un perpétuel ajustement du système. Aussi, les systèmes alluviaux échappent-ils à une évaluation fondée sur un système de référence. Leur clé de voûte apparaît être la capacité d’expression des processus fonctionnels.