Les sources d’eau minérale naturelle bénéficient d’une efficace protection géologique (voir ci-dessous). Néanmoins, la préservation absolue, à long terme, de leur pureté et de leur stabilité, requiert la prise en compte des risques liés aux activités anthropiques (agriculture, habitat, gestion forestière…). Depuis plus de 20 ans, un programme d'actions a été développé afin de préserver la pureté de l’eau Evian, sans freiner le développement économique local.

La tempête Xynthia, par les dégâts humains et économiques générés sur le littoral atlantique, a déclenché une politique publique de défense contre les inondations (Programmes d’actions et de préventions des inondations, Plan submersions rapides). La baie de l’Aiguillon est une vaste surface de vasières et de prés salés accueillant de nombreux oiseaux d’eau migrateurs et hivernants située à l’aval du Marais poitevin. Elle est bordée de digues dont un linéaire important est intégré dans le périmètre de la réserve.