Dans un contexte où les pressions sur la biodiversité s’intensifient, le Muséum national d’histoire naturelle s’est engagé depuis plusieurs années auprès d’acteurs et gestionnaires du territoire, afin de les accompagner dans l’identification et la hiérarchisation des enjeux de biodiversité. L’IQE, en évaluant la biodiversité et la fonctionnalité écologique à l'échelle d'un site, vise trois grands objectifs :

Lorsqu’en 2003, non loin de la ville d’Arles, le Rhône inonde les anciens marais des Baux, des acteurs locaux s’interrogent : peut-on aller contre la nature ? Depuis 1960, un pompage électrique permanent assure le drainage de cette zone et, via un système de canaux, rejette l’eau en Méditerranée à cinquante kilomètres de là.
Les surfaces asséchées sont consacrées pour l’essentiel aux grandes cultures. Sur les trois mille hectares du site, seuls deux cents hectares humides – riches d’une biodiversité unique – subsistent encore par la volonté de quelques propriétaires.