La mauvaise santé du lapin pose des problèmes pour la conservation de certaines espèces emblématiques. C’est le cas, en zone méditerranéenne (d’où le lapin est originaire), des prédateurs spécialistes ou fortement dépendants, tels le lynx ibérique, l’aigle impérial en Espagne, ou l’aigle de Bonelli en France. C’est également le cas, sur le littoral atlantique, du lézard ocellé qui utilise les terriers du lapin. La baisse de la pression de pâturage du lapin sur la végétation a aussi eu des répercussions sur la biodiversité et la dynamique de certains écosystèmes (dunes, pelouses).