Chaque site Natura 2000 fait l’objet d’un document d’objectifs. Sa procédure d’élaboration, telle qu’elle est prévue par les textes, laisse une large place à la concertation, dans le but d’aboutir à un document plus négocié qu’imposé. Cette concertation est organisée au travers du comité de pilotage Natura 2000, obligatoirement associé à l’élaboration du document, et dont la composition est arrêtée par le préfet du département (ou le commandant de la région terre si le site relève entièrement du ministère de la Défense).