Le premier défi des aires marines gérées localement est de concilier sécurité alimentaire et conservation de la biodiversité. En effet, de nombreuses personnes dépendent de la pêche comme principale activité de subsistance. Les solutions envisagées pour réduire la pression de la pêcherie traditionnelle sur les écosystèmes (surexploitation, pêche à la dynamite, etc.) doivent prendre en compte également la lutte contre la pauvreté. Or la course à la création de réserves marines ou de parcs protégés soulève des questions sur leur efficacité et leur éthique.

L’arrivée du Plan de développement rural hexagonal (PDRH, qui définit les modalités de mise en œuvre des fonds Feader) 2007-2013 et de son fonctionnement en « engagements unitaires » permettant la construction des mesures agro-environnementales territorialisées (MAET), a rendu inéligibles à la contractualisation plus des deux tiers de la surface exploitée sur les marais.