Les énergies renouvelables peuvent avoir des impacts négatifs sur la biodiversité, avec une incidence variable selon la nature de ces énergies. L’énergie hydraulique et la bioénergie (en particulier la filière bois-énergie), sont les deux filières les plus susceptibles d’impacter fortement la biodiversité tant locale qu’à distance, sans nécessairement avoir une incidence positive sur le bilan carbone. La filière éolienne terrestre génère des mortalités significatives chez les oiseaux et les chauves-souris dont on ne mesure pas encore les conséquences sur le fonctionnement des populations.

La collision des oiseaux avec les pales est l’impact le plus couramment cité lorsque l’on évoque l’énergie éolienne (environ 7 500 éoliennes en France, pour une puissance totale de 15 GW). Il s’agit, en effet, de l’impact le plus facile à constater mais également du seul à faire l’objet d’une évaluation obligatoire sur l’ensemble des parcs français (chaque exploitant doit mettre en oeuvre un suivi permettant notamment de mesurer la mortalité de l’avifaune et des chiroptères due aux éoliennes dans les délais fixés par l'arrêté préfectoral).