Depuis 1992, le syndicat mixte du Parc naturel régional du Haut-Jura conduit sur son territoire une politique de gestion des cours d’eau. Cette décision fait suite aux graves inondations, érosions de berges et destructions d’ouvrages intervenues en 1990 et 1991 lors de deux crues cinquantenales. De 1994 à 1999 le PNR a ainsi assuré la maîtrise d’ouvrage du premier contrat de rivière de Franche-Comté concernant la Bienne et l’Orbe.

Urbanisation, intensification des pratiques agricoles induisant une disparition des prairies au profit des cultures et la suppression des éléments fixes du paysage (haies, mares, fossés, talus, murets de pierres sèches…), déforestation, enrésinement, gestion en futaie régulière de certains peuplements monospécifiques provoquant des coupes à blanc, fragmentation des milieux naturels par des infrastructures linéaires, manque d’entretien des milieux agro-pastoraux induisant une fermeture des paysages, pollution lumineuse.

Dix ans auront été nécessaires à l’association Action nature pour arriver à imposer l’idée de création d’une réserve naturelle dans l’île de Saint-Martin, objet depuis le début des années 80 d’un développement rapide et souvent anarchique, lié aux premières lois de défiscalisation. L’idée est de préserver, au nord de l’île, un capital environnemental menacé, et régulièrement mis à mal par les voleurs de sable et autres pêcheurs clandestins.